教學目標

　　本系以培育兼具食品科學知能及實務經驗之人才，並協助澎湖地區產業的發展為目標。

教學特色

　　本系教學以食品科學技術為基礎，涵蓋農產及水產領域。配合澎湖產業特性，發展出海洋資源及地區農產開發應用之特色，培養學生除了具備傳統食品基礎知能外，亦具有開發地區性特色產品之能力。另外，食品安全管理人才之培育為本系另一特色，訓練學生具備食品安全及品質管制上之能力。

課程規劃

　　本系課程理論及實務並重，以工廠實務、食品加工、食品檢驗分析及食品安全管制為重點，故著重於各項工廠管理、法規、產品開發、食品安全等專業知識及實務，希望培育出來的學生，不但具有基本專業素養，於實務經驗有一定的水準，且具有樂觀、服務、創意、國際觀等特質，能掌握時代脈動，以符合社會所需。

師資及設備

　　本系師資均為具多張專業證照、產業實務經驗及博士學位的專任教師。系上設有食品微生物、食品檢驗分析和食品加工等三大實驗教室、品評室及公共儀器室。另具有水產機能性胜肽、酵素催化與應用、生物技術、應用微生物、食品物性暨工程、食品安全與微生物、穀類加工、海洋生物化學、生化製程、應用生物科技等專業研究室。本系畢業生在升學方面，可報考本系及國內外相關領域研究所，例如：食品科學所、生技所、應用化學所等相關研究所；就業方面則可到各食品公司、藥廠、生化技術公司工作或參加各項公職考試；證照則可報考食品技師、食品檢驗分析、保健食品工程師、化學、烘焙、中餐烹調、中式麵食、調酒等證照。

未來發展

　　本系的發展，短期內繼續充實教學實驗室及實習工廠，並藉由各項產學合作計劃，增加學生實習機會，進而提升就業競爭力。本系已成立碩士班，未來將結合地方與學校資源，積極研究開發，以成為國內海洋及農業資源的研究重鎮。